本課程為討論方式進行上課，參與的老師及同學事先觀察閱讀每週的主題病理切片，一般為四至五片(或病例)，在每星期二上午8:10-10:00的課程中，將病例切片投影至電視螢幕的方式，依序由學生就其所觀察到的病灶進行描述，給予型態學診斷，及可能的病因學區分診斷。之後參與的老師再各自給予其對此病例的診斷及對疾病致病機制的看法及討論，最後再由主持的老師公佈答案(Key)。
上課切片的來源包括美國三軍病理中心(Armed Force Institute of Pathology, AFIP)，中華民國獸醫病理學會每月病例討論會及中華民國比較病理學會之比較病理討論會。由於這些病例皆有完整的資料，特別是AFIP有包括病理病灶的描述，型態學診斷，可能的病因學區分診斷及參考文獻等可供學生參考。另外參與的學生借助這些切片接觸學習不同種類動物的疾病，包括家畜禽，實驗動物及野生動物；亦可由此接觸世界各地包括本國地區的疾病，以及臺灣目前動物疾病流行的概況，而比較病理的病例亦讓同學有機會接觸人類的病例。
本課程著重同學病理診斷思考邏輯的訓練，在討論中，老師們表達各自的想法，同時刺激同學對致病機制的思考瞭解，期望同學對病理診斷有一正確的態度及思考方法。